Originario di Vinci, 1948, Filippini è stato ordinato presbitero della diocesi di Pisa nel 1973. Ha conseguito la Licenza in Teologia presso la Pontificia Università Gregoriana e la Licenza in Scienze bibliche presso il Pontificio Istituto Biblico di Roma. Ha insegnato Teologia ed Esegesi del Nuovo Testamento a Pisa, dove ha anche ricoperto gli incarichi di rettore del Seminario e di cappellano del Carcere circondariale.
