Il compagno di Gesù era partito da Lisbona quando aveva 35 anni, il 7 aprile del 1541. Approda a Goa il 6 maggio del 1542, dopo 13 mesi di navigazione a tappe, regolate dai venti e dalle bufere. Vi rimane per cinque mesi continui. A Goa ritorna poi altre due volte, per pochi mesi, nei suoi dieci anni di missione in Asia: nel marzo - aprile del 1548 e in febbraio - aprile del 1552.

Goa, oltre ad essere la capitale dell'impero coloniale portoghese e il centro di riferimento per la chiesa cattolica verso l'Oriente, era anche “la base” missionaria del Saverio. Diventerà anche il “centro di formazione missionaria” della Compagnia di Gesù.

In ottobre 1542, Saverio inizia il viaggio fino a Capo Comorín, la punta più a meridione della penisola indiana. Si ferma nella zona per oltre due anni e mezzo, visitando città e villaggi lungo la costa, con un'attività apostolica che potremmo chiamare frenetica .

Ma la predilezione del missionario è certamente verso i paràva - pescatori di perle, tanto da visitare le loro comunità ben 14 volte, inclusi i suoi passaggi nella zona nel 1548-49 e all'inizio del 1552, di ritorno dai lunghi viaggi missionari nelle Molucche e in Giappone, verso “la base” di Goa.

A maggio del 1545, Saverio sale a piedi verso Madras, fino al santuario dell'apostolo Tommaso e vi resta per circa due mesi, in silenzioso ritiro spirituale.

È qui che egli sente la spinta verso altri popoli ancora più ad oriente dell'India, che ancora non conoscono Cristo.