Secondo la tradizione furono inserite nel 1640 da Pier Maria Bagnadore (Orzinuovi 1545/50 - dopo 1620), pittore manierista influenzato dal Moretto, giudicato povero di inventiva, ma abile nel mestiere e sapiente nell'uso del colore e della luce. E' ritenuto più grande come architetto. Insieme al Gambara venne a contatto con le tendenze del manierismo romano tramite le incisioni di un altro bresciano operante a Roma, il Muziano. Gli antichi lo lodarono per " lo squisito disegno sobrio, giudizioso e preciso, gli scorci mirabilmente variati e la grande morbidezza nelle carnagioni e nei panni".

Premesso che già esistevano in chiesa due altari laterali addossati alla parete di destra essendo l' altra occupata dal Mausoleo, si trattava di dare sistemazione più ordinata all' interno. Dopo il Concilio di Trento l' afflusso di vocazioni sacerdotali tra le file del laicale Ordine dei Gesuati, ma pure l' aumento della richiesta di celebrazioni di S. Messe Perpetue e altri oneri religiosi spinsero alla decisione di aumentare gli altari per soddisfare le numerose richieste e nel contempo mettere ordine nella chiesa, come veniva richiesto dalle visite apostoliche vescovili. L' incarico venne affidato al Bagnadore che aprì tre grandi archi di accesso a rispettive cappelle con altare.

La cappella centrale viene esaltata da cupola e comunica con due porte alle vicine, illuminate da uguali finestre termali romane nella parete di fondo. Il vano è a pianta quadrata, gli angoli sostengono archi a tutto sesto coronati da un tamburo sul quale insiste la cupola a calotta; la luce entra dall'alto per una lanterna cilindrica alla cui sommità spiccava la colomba dorata dello Spirito Santo (tolta dopo il restauro in quanto già presente sulla sommità dell' altare ligneo). Le strutture a cerchio della cupola si restringono nel cannocchiale della lanterna e, allontanando il punto di fuga, creano l'illusione prospettica di superare in altezza la volta della navata.

L'altare ha ripreso l' aspetto antico con la tela raffigurante la Natività (restituita dal seminario a restauro ultimato nel 2000) inserita in un imponente soasa di legno intarsiato con madreperla; alle pareti laterali due cornici di stucco accolgono le tele a tempera grassa raffiguranti la Circoncisione e la Adorazione dei Magi, restaurate in precedenza dalla ditta Seccamani. In alto l' intradosso della cupola mostra gli affreschi dei Profeti nei medaglioni e Sibille alle finestre: richiamano nello stile della composizione e nel colore la cappella del Crocifisso del Foppa in S. Maria del Carmine. I quattro Evangelisti dei pennacchi ormai ridotti a larve completano la decorazione di questa cappella dedicata alla contemplazione del mistero di Gesù Bambino, come bene si addice alla spiritualità d' impronta francescana dei Gesuati.

Certamente in passato si presentava in altro splendore con gli affreschi dai vivi colori sottolineati dalle dorature luccicanti. Più tardi il pavimento ospiterà le tre lastre tombali, di cui le estreme sono dedicate ai membri. uomini e donne della Confraternita e la centrale si presenta anonima.

In considerazione della dedica alla Nascita di Gesù ogni anno a Natale viene proposta in questo contesto una mostra annuale dei presepi missionari provenienti o legati alle culture di tutto il mondo.
 

La cappella di sinistra o terza è dedicata alla Passione di Cristo, come si deduce da una Crocifissione al centro del soffitto, risultata poi di epoca ottocentesca, da un affresco con Gesù deriso dai soldati e dal gemello a sinistra strappato. Si presenta con un altare intarsiato di madreperla, sormontato da due colonne tortili unite da un arco spezzato che accolgono la Grotta di Lourdes.

Il restauro dell'estate 2000 ha rimesso in evidenza le quadrature seicentesche alla maniera del Sandrini, grande esperto in materia e morto durante la peste manzoniana per cause naturali. E' datata 1678 quindi dopo la scomparsa del maestro, per cui viene riferita a un allievo della scuola, probabilmente Pietro Antonio Sorisene, quadraturista abile in giochi prospettici e decorativi tra ampi spazi, qui limitati dalla modestia della superficie. L'affresco di sinistra è stato strappato, le porte sottostanti erano l' accesso ai tre confessionali, aggiunti dal Seminario e chiusi con il restauro.
 

Un terzo altare di legno stava nella cappella di destra o prima cappella . Al suo posto c' è ora un sarcofago-reliquario, recuperato da sotto l'altare della cappella di centro: spostato al centro del presbiterio come altare rivolto al popolo durante la riforma liturgica del Vaticano II ha trovato qui la sede definitiva. Ospitava le reliquie dei tre martiri Giovanni, Paolo e Saturnino, come recita l'incisione:

HIC.SS.MART - IOANNIS.PAULI.SATURINIQ. - OSSA QUIESCUNT.

Sopra vi è apposta la statua lignea di San Francesco Saverio, grande missionario gesuita e patrono universale delle Missioni, in particolare dei Missionari Saveriani. Occupa la parete di fondo di questa cappella ormai spogliata delle tre tele seicentesche. La figura si presenta di buona fattura, riproduce il santo ad altezza naturale con i tratti del gesto tradizionale di annuncio missionario. E' stata donata dell' ing. Antonio Lechi dei conti di Montirone incaricato dei restauri del convento insieme all' arch. Montini dagli anni 1960, con il contributo dei pittori-restauratori Grassi e Caprioli di Pudiano-Gerolanuova. L' affresco della volta disegna un oculo con balaustra prospettica mantegnesca che accoglie S. Antonio in gloria fra due balconate decorate di angioletti con il bianco giglio del santo padovano.

Anche questa cappella porta la data 1678 e come la precedente è attribuita al Bagnadore per l' architettura, mentre per la parte pittorica viene citato lo stesso autore, il Sorisene. Abbiamo una nota del 1886 che recita: " Il Chimeri decorò con molta grazia il coro e le cappelle in una delle quali intorno ad una cupoletta dipinse a chiaro scuro un coro di angioletti in molte misure atteggiati", una probabile allusione agli angeli della balaustre del S. Antonio.

Storicamente, stando a quanto riferisce la guida del Brognoli (1826) nella prima cappella c' è un S. Antonio da Padova di Bernardino Bono (allude probabilmente alla tela ancora presente presso i Missionari ); in quella di centro restano le tre tele dell'infanzia; nella terza cappella, sembra di capire, si trova sull' altare una Immacolata Concezione di Agostino Saloni, ai lati un S. Francesco di Assisi di Francesco Paglia e un S. Pietro di Alcantara di Pompeo Ghitti, che dovrebbero corrispondere a quelle presenti in Seminario. Il Morassi del 1939 parla invece di un Cristo deposto di autore bresciano mediocre, a destra il S. Antonio da Padova di scuola dei Procaccini e a sinistra il S. Francesco.

Per quanto riguarda l' origine delle cappelle è assai probabile che il Bagnadore abbia curato l'architettura di tutte e tre, completando quella di centro dedicata all'infanzia di Gesù con tele in suo possesso. Sembra ormai assodato che nel cammino artistico del pittore queste tempere grasse non possono essere collocate dopo il 1580. In particolare la più bella, la Natività, rimanda ad elementi della pittura emiliana del Correggio , come si può notare nello scorcio del sotto in su dei volti e soprattutto nella ricerca luministica incentrata sul bambino nella culla e sugli angeli nel cielo. Delle due tele laterali sono di buona fattura la Visita dei Re Magi nelle variopinte vesti orientali con il motivo della stella alla maniera del Savoldo, che compensano appena la figura di Maria e la testa di Giuseppe in posizione umile e pure contorta. La composizione della Circoncisione dipinta secondo i canoni del Bramantino denota più staticità nelle figure degli inservienti copiate da modelli precedenti. Al riguardo nel '500 era invalsa l' abitudine di stampare e diffondere i disegni di opere dei grandi della pittura come Michelangelo, Raffaello… ad uso dei manieristi, come le famose riproduzioni del Raimondi, e tra i bresciani quelle di Girolamo Muziano, attivo presso la corte pontificia.

Per l'architettura c' è in Brescia un altro esempio del Bagnadore che ripete lo stesso schema della cappella centrale di S. Cristo: si tratta dell'oratorio di S. Maria del Lino in piazza del Mercato innalzato nel 1608. Ritroviamo anche qui la base quadrata con arco romano coronata di cornicione e sormontato dalla calotta; la luce che penetra dalle brevi finestre della lanterna si irradia verso la base in una atmosfera mistica, che stende penombre sulle tele illustranti il mistero dell'Incarnazione.

"In ogni caso, se il Bagnadore muore verso il 1620, cade l'ipotesi delle cappelle datate al 1640, come finora è sempre stato ripetuto… Se S. Maria del Lino è del 1608, a noi pare legittimo collocare la cappella in S. Cristo nel secondo decennio del 1600, essendo questo uno schema che deriva da quello" (Luciano Anelli).